在焚书之后的第二年，就发生了坑杀儒生的事件。
秦始皇晚年的时候，独断专行，又喜欢追求长生不老，就找了许多的方生和术士，其中最信任的是卢生和侯生。然而卢生和侯生经过探讨，却认为秦始皇求仙必然不能成功。
侯生、卢生在一起商量说：“秦始皇天性粗暴凶狠，刚愎自用，他出身诸侯，兼并天下，非常顺利，就认为从古到今没人比得上他。他专门任用残酷的官吏，他们手段残忍，却能得到宠幸。博士虽然也有七十人，却从来没有听从过他们的意见，博士都成了摆设。丞相和各位大臣都只是遵守己经决定的命令，皇帝喜欢用重刑、杀戮显示威严，官员都怕获罪，都想保持住禄位，所以没有人敢真正竭诚尽忠。皇帝听不到逆耳的忠言，不知道自己的过错，一天更比一天骄横。而臣子却害怕皇帝的威严，专事欺骗，讨好秦始皇。秦法规定，一个方士不能兼有两种方术，如果不能应验，就要处死。而占卜星象和天气的人多达三百人，都是有学问的人，害怕遭到别人的忌惮，就得阿谀奉承，不敢正首地说出皇帝的过错。天下事无论大小都由皇上决定，各种事情他都想管，每天批复的表笺和奏请书文，重达一百二十斤，不满不休息。他贪于权势到如此地步，不能为他去找仙药。”
侯生和卢生于是逃走了，秦始皇得知自己最宠信的两个术士居然背叛自己，在背后议论自己的是非，大为震怒，他一声令下，将那些还留在咸阳的术士全部抓起来，关在一起，严加审问。酷刑之下，诸生为求自保，互相揭发，乃至诬告，最后共牵连出西百六十多人，秦始皇将他们全部坑杀在咸阳，以警告天下所有人。他还向全国宣扬，让大家都知道此事，以惩戒后世。同时遣罚更多的人流放到边地戍守。
《史记·儒林列传》中记载了一个地方叫悯儒乡，在今陕西省西安市临潼区境内。相传这里原本有个大坑，就是秦始皇坑儒的地方。东汉的学者卫宏曾经说，侯生和卢生逃跑之后，秦始皇担心天下人心不服，还会继续评判秦王朝的政策。于是就利用温泉乡的地热，在冬天种瓜，等到瓜果结出来之后，把当时各地来到咸阳的儒生全部召集起来，共有七百余人，让他们实地参观。大家都很疑惑，走到了秦军事先设置好的机关里面，等到他们正在议论的时候，兵士从上面操纵机关，堵住了回路，把儒生全部封在坑里，然后用土活埋。于是秦始皇再也听不到反对的声音了。往后人们来到这里，都会对那些儒生心怀怜悯，所以叫悯儒乡。
秦始皇的长子扶苏，在众兄弟之中最为优秀，具有政治远见。“扶苏”是古人对树木枝叶茂盛的形容，出于《诗经》，有香草佳木之意。秦始皇以此命名，证明他对儿子的喜爱，对他寄予期望。司马迁在《史记》中对他的评价是：“扶苏为人仁。”扶苏是一个仁慈的人，他反对父亲焚书坑儒的举措，多次上书劝谏：“现在天下刚刚安定，边远地区百姓尚未归附，儒生只不过是诵读并效法孔子的言行，而陛下却用严厉的刑法处置他们，我担心天下会因此不安定。”由于扶苏的屡次劝谏，因而触怒秦始皇，秦始皇便有意疏远扶苏，派扶苏前往上郡监督大将军蒙恬的军队，协助蒙恬修筑万里长城，抵御北方游牧民族匈奴。“焚书坑儒”其实是一场统一思想的运动。秦始皇统
一六国之后，致力于加强皇权，在中央上建立了三公九卿的制度，在地方废除分封，施行郡县制。之后又推行书同文，车同轨，行同伦，统一货币，统一度量衡，这些措施都是国家大一统的根本。但秦王朝统治下的思想领域仍然保持着百家争鸣的状态，极度混乱，不能形成统一的价值观，也不支持新王朝的政令。因此，统一思想就成了秦始皇维护国家安定的重要举措。明代思想家李贽在《史纲评要》中就焚书坑儒做出了一番评论：“（李斯）大是英雄之言，然下手太毒矣。当战国横议之后，势必至此。自是儒生千古一劫，埋怨不得李丞相、秦始皇也。”他对当时的历史环境做出总结之后，认为统一思想是历史的必然，但焚书坑儒的手段太过狠毒了。秦始皇的手段虽然激烈，但也收到了很好的客观效果。从此以后，华夏民族的思想渐渐开始统一，到汉武帝罢黜百家，独尊儒术，中国大一统思想正式形成。
