焚书令颁布以后，全国各地掀起了轰轰烈烈的焚书运动。官兵挨家挨户搜查书籍，他们翻箱倒柜，不放过任何一处可疑的地方。只要是大秦的统治区域，全都在烧书。那些古籍书简和绢帛文书，凝聚了历代古哲先贤的智慧结晶和无数能工巧匠的劳动付出，它们被汇聚在一起，堆积如山，付之一炬。
秦始皇的一道诏令，使得中华文化遭受了前所未有的浩劫，但在他的淫威之下，劳动人民运用自己的聪明才智，依然保存了许多书籍。
孔鲋是孔子的第九世孙，在李斯刚刚提出焚书的建议之后，他的好友魏人陈余赶忙跑来找他，没想到却看见孔鲋正在漫不经心地吃饭，陈余问：“秦始皇下了命令，要烧毁先祖的书籍，你知道吗？”孔鲋说：“知道了。”陈余不解：“你是书籍的主人，怎么不去逃命，还在这里吃饭？”孔鲋说：“我所学的都是一些看起来没有用的学问，真正了解我的只有朋友。秦国并不是我的朋友，自然也就不理解我，我又能遇到什么危险呢？我会把书籍收藏好，等待着真正需要的人。”在陈余告辞之后，孔鲋连夜在墙壁上掏出一个大洞，把他所收藏的《论语》《尚书》《孝经》等儒学经典藏了进去，然后把墙壁封好如初。等一切都做完之后，他就去了嵩山隐居，教弟子百余人，到死也没回来。
这就是著名的“鲁壁藏书”的故事，孔鲋作为孔子的后代，自然会成为秦军的重点盘查对象，他说“吾将藏之，以待其求”，秦军找不到书籍，自然也就不会为难他了。传说陈胜领导农民起义的时候，孔鲋也从军反秦，为博士、太师，留在陈胜身边，以备咨询。后来由于陈胜不能听取规谏，以致起义形势首转而下，最终失败，最后在与秦将章邯的战斗中战死，卒年五十七岁。
到刘邦建立汉朝后，逐渐开始重视儒生。但是因为秦朝的焚书事件，《论语》《尚书》等一些书籍找不到了，于是召集了一些年迈的儒生，聚集在一起，通过回忆的方式整理了《论语》等一些经典，济南的伏胜回忆整理了《尚书》。经过当时儒生的广泛传播，在全国掀起了经学热潮。
汉景帝三年（前154），皇帝刘启将他儿子刘馀从淮南迁到曲阜，封为鲁王，即鲁恭王。刘馀喜欢富丽堂皇的宫殿，曾经修建了举世闻名的“灵光殿”，并在孔宅附近修建别宫，为了扩大其规模拆除孔子故宅旧墙时，忽然听到金石丝竹的声音，有五音六律之美，结果在墙壁的废墟中竟然发现了一些书籍。这些书籍就是当日孔鲋所藏之书，书是用蝌蚪文写于竹简上的，不同于当时人们利用隶书写的经典，人们就把它们称为“孔壁古文”。其中最有影响的是《古文尚书》，据说它比《今文尚书》多十六篇。
金代为纪念孔鲋藏书，因传说拆孔子故宅墙取书时有金石丝竹之声，六律五音之美，故名“金丝堂”。明弘治十三年（1500）重修孔庙时，为孔庙琉璃瓦建筑对称，将金丝堂迁到孔庙西路，后来又刻了“鲁壁”碑来纪念孔鲋藏书。
鲁壁藏书是一件具有重大意义的举措，当时的孔鲋虽然只做了一件藏书的事情，却为后世保留下了前人的经典，使得秦朝几乎被烧得灭绝了的儒家经典得以传之后世，在汉唐大放光彩。秦始皇在焚书的时候，并不是要烧掉所有的书，他宣布“医药卜筮种树之书”不在其列，也就是医学、农学和天文历法的这些实用性的书籍并没有遭到损毁。
例如，兵书作为最实用的学问，首接服务于政治，长期受到重视，在焚书事件当中自然也不会受到摧残。《汉书·艺文志》著录古兵书五十三家、七百九十篇、图西十三卷。历代兵书从内容上可分为兵法、兵略、训练、阵法、兵制、兵器、城守、军事地理、名将传等类。现存最早的完整兵书是《孙子兵法》。兵书在哲学、科学史、天文学、气象学、文学、历史学等方面，都有相当高的价值。《史记·项羽本纪》中记载：项籍落难吴中，私自用“兵法”训练子弟，同时也亲自教授项羽“兵法”。后来项羽在实际征战中的表现，也体现出了他在兵法上受教育程度比较高。比如他曾破釜沉舟击败秦军，利用的就是“置之死地而后生”的兵法理念。
此外，像《吕氏春秋》和《韩非子》这样对秦国的历史产生过深远影响的书籍，自然也不在焚书的行列之中，得以幸免。
在严刑峻法的高压统治下，普天之下烧书的火堆熊熊燃起，所留的也只有博士掌管的书籍和一些技术类型的书。私藏诗书是重罪，所以即使是那些博士，也不会将书带回家中的，秦始皇所保管的那些书籍都留在了皇宫里。到了后来，项羽攻进咸阳，将秦王宫付之一炬，大火烧了三个月都没灭，皇宫里的书自然也没能逃过这场浩劫。
