南京成为明军收复后的新行政中心，标志着大明朝廷重建的关键阶段。在此基础上，朱由榔针对土地分配、税收制度以及社会结构展开了全面的改革。
江南地区因其富饶的资源、深厚的经济积累，一直是地主豪强和士绅阶层的盘踞之地。然而，满清统治时期的大规模战争和掠夺破坏了许多世家大族的根基，为改革扫清了一定的障碍。
朱由榔深刻地认识到，如果想要对国家的政治领域展开全面且深入的变革，并将在云南和缅甸时所推行的全新政策彻底贯彻于新近收复的地域之中，那么这一系列行动务必赶在战争落下帷幕、而经济尚未实现全面复苏之际就迅速推进。
否则，那些身处旧有政治体制之下已然获取了丰厚利益的群体，一旦等到经济逐渐回暖并得以重振旗鼓之后，其所坐拥的巨额财富与权势必然会促使他们竭尽全力去守护自身既得之利益。如此一来，若再企图推动任何形式的革新举措，恐怕都将沦为痴人说梦般不切实际的空想罢了。
因此，像那种所谓首先实施经济方面的改革，并期望通过获取一定的经济成就来推动后续的政治变革的想法，简直就是彻头彻尾的欺骗手段！当那些既得利益集团中的权贵们将财富塞满自已的口袋时，如果你还妄图推行改革，那么这无疑将会演变成一场与他们之间生死攸关、不死不休的激烈利益争斗。
毕竟，断人财路犹如杀害他人双亲一般严重。倘若回到先前那场战争刚刚落下帷幕的时候，那时众人皆一贫如洗，你去施行改革倒也罢了，因为压根不存在既得利益群体，就算有人遭受些许损失，也并非是什么了不得的大事。
然而，绝对不能采取搁置争议、只顾填饱肚子以及盲目追求金钱至上的策略。时间一旦拖延下去，局势就极有可能发生意想不到的变化。
朱由榔深知这一点，为了整个大汉民族的长远利益着想，为了实现民族的繁荣昌盛，为了让每一个大汉子民都能成为人中龙凤，他义无反顾地决定迈出这一步，哪怕这样做会触怒许多人。
“得罪人又有什么大不了？难道怕得罪人就可以不做事了吗？我为人堂堂正正，所行皆光明之道，什么样的的人会被我得罪？那必然是民族的败类！朕，绝对不会允许他们祸害我们的民族！”
朱由榔深深地明白一个道理，尽管大明王朝已然踏上了早期工业化的征程，然而农业税收却依旧如同顶梁柱一般支撑着整个国家的财政体系。想要将农业税所占比例降低到 5%以下这种符合现代标准的水平，前方的路途可谓漫长而艰辛。
所以，经过深思熟虑之后，他并没有莽撞地直接废除农业税，而是选择推行一种更具灵活性且相对公平合理的“摊丁入亩”制度。与此同时，为了让这项制度能够更好地实施并取得成效，他还大力推动在全国范围内展开全面深入的土地清查工作。
要说清查土地这件事，其关键之处就在于如何巧妙地运用各种新兴技术手段。在以往明军于云南以及缅甸一带的作战经历当中，诸如飞艇之类的空中侦察技术曾经大放异彩，展现出了巨大的实用价值。这些先进的技术不仅在平定叛乱时发挥了至关重要的作用，而且对于精准测绘地形地貌也有着不可小觑的贡献。
尤其是像江南这样的地区，长久以来一直都因隐匿土地、逃避赋税而声名在外。可是如今，有了飞艇从高空俯瞰所带来的独特视角优势，那些原本被精心藏匿起来的田产便再也无处可藏，纷纷暴露无遗。
为了防止大地主继续利用复杂的土地关系规避税收，朱由榔制定了阶梯式的土地税制：
小土地持有者的保护：持有土地在50亩以下的小地主，税收负担较轻，甚至给予部分税收减免，以激励生产积极性。
中型地主的适度调节：拥有50至500亩土地的地主，实行标准税率，确保税收公平性。
大地主的限制：超过500亩的土地税率显著提高，而持有超过1000亩土地的地主将面临极为沉重的税收压力。
这一政策的直接后果是迫使大地主不得不将土地分散到家族成员甚至佃户名下，从而削弱了土地高度集中的局面。同时，税收的再分配效应也为朝廷带来了更为稳定的财政收入。
朱由榔的目标不仅是增加税收，还在于通过税收政策引导地主阶层的投资方向。他深刻认识到，土地的过度集中不仅限制了农业效率的提高，还阻碍了社会经济结构的多元化发展。于是，他通过一系列措施鼓励地主和商人将资金从土地投资转向工商业：
土地税的高压：地主发现持续投资土地的收益下降，甚至面临税收损失，自然开始寻找新的利润增长点。
工厂开办的奖励：朱由榔颁布了一系列政策，鼓励地方投资办厂。例如，开办工厂的前三年可享受税收减免，特别是涉及手工业、纺织业等劳动密集型行业。
此外，他还推广农业合作社模式，以帮助农民通过集体劳动提高产出。这一模式在云南和缅甸已经取得了成功，被迅速推广到全国范围内。合作社不仅提高了农业生产效率，还为农民提供了稳定的收益保障，逐渐减少了地主剥削对农民生活的威胁。
推动工业化的同时，朱由榔并未忽视工人权益问题。他指出，若企业主延续旧时地主对佃农“竭泽而渔”的压榨思维，不仅将导致工人生活水平下降，还会直接影响消费市场的形成，从而使整个经济陷入停滞。
为此，朱由榔强制推行了以下几项改革：
独立工会制度：工厂必须设立独立工会，确保工人可以集体协商工资、工作条件和福利待遇。这不仅避免了资本对劳动力的极端压榨，也为工人提供了表达诉求的渠道。
企业税与个人所得税：工厂和企业的税收同样采取阶梯式设计。小型工厂税率较低，而大型企业随着收入增长承担更多税收义务。这种设计既避免了对初创企业的过度打击，也能通过税收再分配改善社会财富分布。
最低工资与工时限制：朱由榔明确规定了最低工资标准和每日工时上限。任何违反劳动法的企业主都将面临高额罚款，甚至可能失去经营资格。
朱由榔的改革思想强调“蛋糕做大”而非“一味分蛋糕”。他反复教育企业主：若想实现真正的繁荣，必须创造一个消费与生产相互促进的良性循环。只有工人拥有足够的收入和闲暇时间去消费，市场需求才能扩大，企业利润才能持续增长。
对于那些试图通过各种手段逃避税收、压榨工人的企业主，朱由榔采取了严厉的打击措施。这不仅是为了巩固社会经济改革的成果，更是为了彰显明朝政府的新秩序与权威。朱由榔强调：“仁政不是软弱无力，而是让每个人都在规则之内找到自已的位置。若无视规则，必定遭到严惩。”
土地改革与清查政策在江南地区引发了广泛反响。对于中小地主和普通农民而言，这项改革无疑是福音。不少农民因为摊丁入亩与土地合作社的推广而重新获得土地耕种的机会。他们发现，随着税收负担的减轻，粮食产量的提升，生活水平也得以显著改善。而对于那些大地主和士绅阶层来说，阶梯税制以及土地分散政策带来的压力不可小觑。
